Molybdén sa bežne používa pri výrobe mnohých typov zliatin ocele s vysokou pevnosťou. Má schopnosť odolávať extrémne vysokým teplotám bez výraznej expanzie alebo mäknutia a vykazuje vysokú odolnosť proti korózii. Prach a výpary molybdénu však môžu byť toxické, najmä pri požití. Nízke úrovne dlhodobej expozície môžu spôsobiť podráždenie očí a pokožky. Treba sa vyhnúť priamemu vdýchnutiu alebo požitiu molybdénu a jeho oxidov. Odpadové vody z priemyselných odvetví, ktoré používajú molybdén, musia byť pred vypustením do verejného zberného systému upravené tak, aby sa odstránili veľké množstvá.
Molybdén je možné merať fotometricky pomocou činidiel. Fotometrická analýza je založená na Beer-Lambertovom princípe absorbancie, pri ktorom je intenzita vytvoreného sfarbenia úmerná koncentrácii molybdénu vo vzorke. Produkty fotometrickej analýzy zahŕňajú prenosné a stolné fotometre a spektrofotometre.
